超聲波細胞破碎儀是基于超聲波在液體中的空化作用，換能器將電能量通過變幅桿在工具頭部液體中產生高強度剪切力，形成高頻的交變水壓強，使空腔膨脹、爆炸將細胞擊碎。另一方面由于超聲波在液體中傳播時產生劇烈地擾動作用，使顆粒產生很大的加速度，從而互相碰撞或與器壁互相碰撞而擊碎。
超聲波是物質介質中的一種彈性機械波，它是一種波動形式，因此它可以用于探測人體的生理及病理信息，即診斷超聲。同時，它又是一種能量形式，當達到一定劑量的超聲在生物體內傳播時，通過他們之間的相互作用，能引起生物體的功能和結構發生變化，即超聲生物效應。
超聲對細胞的作用主要有熱效應，空化效應和機械效應。熱效應是當超聲在介質中傳播時，摩擦力阻礙了由超聲引起的分子震動，使部分能量轉化為局部高熱，從而殺傷癌細胞而正常組織不受影響。
運行時需要注意：
1、切記空載(一定要將超聲變幅桿插入樣品后才能開機,)
２、變幅桿探頭要居中，不要貼壁。超聲波是垂直縱波，插入太深不容易形成對流，影響破碎效率。
３、超聲參數設置：設置鍵好儀器工作參數(具體設置見說明書)，對于對溫度要求比較敏感的樣品一般外面采用冰浴，實際溫度肯定是低于25度，蛋白核酸是不會變的。
1)時間：超聲時間每次不要超過5秒，間隙時間應大于或等于超聲時間，以便于熱量散發。時間設定應以超聲時間短，超聲次數多原則，可延長超聲機子以及探頭的壽命。
2)超聲功率：不宜太大，以免樣品飛濺或起泡沫，如小于10ml樣品容量，功率應在200w以內,選用2mm超聲探頭，另將面板后面的變幅桿選擇開關打到相應擋；10-200ml樣品容量的功率在200－400w，選用6mm超聲探頭，另將面板后面的變幅桿打到相應擋；200ml以上的樣品容量功率在300-600w之間，選用10mm超聲探頭，另將面板后面的變幅桿打到相應擋；(2MM的小探頭功率嚴禁超過350W)
3)容器選擇：有多少的樣品就選多大的燒杯，這樣也是有利樣品在超聲中對流，提高破碎效率。例如；20ML的處理量用20ML的燒杯。如100ml大腸桿菌樣品設置參數：超聲5秒／間隙5秒次數70次(總時間為10分鐘)。功率300W(僅供參考)
4、若樣品放在1.5ml的EP管里請一定要將EP管固定好，以防冰浴融化后液面下降導致空載
5、日常保養：超聲波細胞破碎儀用完后用酒精擦洗探頭或用清水進行超聲！
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